В 2006 году на экраны вышли 4 кинопроекта с участием Эль Фаннинг. В драме Алехандро Гонсалеса Иньярриту «Вавилон» актриса сыграла дочь персонажей Кейт Бланшетт и Брэда Питта, также Эль достались небольшие роли в фантастическом сериале «Потерянная комната» и в боевике «Дежа вю». В этот же период юная звезда вместе с сестрой участвовала в озвучивании мультфильм «Мой сосед Тоторо».
В 2008 году Эль Фаннинг очаровала зрителей своей игрой в драме «Фиби в стране чудес». Ее героиня, девятилетняя Фиби Лихтен, не такая как все дети, поэтому у нее довольно сложные отношения с окружающими людьми. По мнению кинокритиков, Эль с успехом справилась с такой сложной ролью.
В 2010 году актриса сыграла в фильме Софии Копполы «Где-то». На Эль обратил внимание Френсис Форд Коппола и дал ей роль призрака Ви в своем триллере «Между сейчас и восходом», вышедшем в прокат в 2011 году. В этом же году в кинотеатрах шел фантастический блокбастер «Супер 8», в котором Эль Фаннинг исполнила одну из ведущих ролей. Продюсером фильма выступил Стивен Спилберг.
Помимо работы в кино, Эль Фаннинг сотрудничает с компанией Marc Jacobs, серьезно занимается балетом, берет уроки вокала, а в свободное время пишет сценарии. Бесспорно, эту красивую и талантливую девушку ждет большое будущее.